Penguatan ketatalaksanaan bertujuan untuk meningkatkan efisiensi dan efektivitas sistem, proses, dan prosedur kerja yang jelas, efektif, efisien, dan terukur pada Zona Integritas menuju WBK/WBBM. Target yang ingin dicapai pada masing-masing program ini adalah:

1. Meningkatnya penggunaan teknologi informasi dalam proses penyelenggaraan manajemen pemerintahan di Zona Integritas menuju WBK/WBBM;
2. Meningkatnya efisiensi dan efektivitas proses manajemen pemerintahan di Zona Integritas menuju WBK/WBBM; dan
3. Meningkatnya kinerja di Zona Integritas menuju WBK/WBBM.

Atas dasar tersebut maka terdapat indikator yang perlu dilakukan yaitu:
a. Prosedur Operasional (SOP) Kegiatan Utama yang mengacu kepada peta proses bisnis instansi, prosedur operasional telah diterapkan dan telah dievaluasi;
b. Pembangunan sistem aplikasi dan informasi pelayanan yang mudah diakses;
c. Pembangunan database Kepegawaian yang akurat, Dosir Elektronik, Info Kenaikan Pangkat, info Kenaikan Gaji Berkala;
d. Ketersediaan Ruang Pusat Pelayanan Informasi Publik dan Ruang Pelayanan Hukum (PPH);
e. Pengembangan Kejaksaan yang modern berbasis Teknologi Informasi dan Komunikasi (TIK) dengan menerapkan berbagai sistem aplikasi e-government. Penggunakan IT untuk menunjang pekerjaan dan mempermudah layanan. (Misal : Manajemen Persuratan yang saling terintergrasi antar bidang dan arsip digital);
f. e-office agar sesuai dengan pencatatan manual yang ada seperti persuratan yang semestinya, sama antara digital dan manual pada buku (misal : nomor pada buku agenda sama dengan nomor pada persuratan digital dan urut);
g. Memperhatikan keberlangsungan dan kesinambungan aplikasi antar waktu sehingga pimpinan maupun pejabat yang ada paham benar dengan IT dan mau belajar;
h. Memberikan informasi mengenai perkara secara aktual realtime pada semua tahapan kepada masyarakat;